Junior,
Você esta utilizando qual tipo de replicação?
Se estiver utilizando Replicação Transacional somente os comandos são replicados, já a Replicação Merge, realizar a mescla dos dados em ambos os lados.
Acredito que no seu caso a Replicação Transacional possa ser a mais indicada.
Pedro Antonio Galvão Junior [MVP | Microsoft Evangelist | Microsoft Partner | Engenheiro de Softwares | Especialista em Banco de Dados | SorBR.Net | Professor Universitário | MSIT.com]